V Písmu se výraz „Samaritáni“ poprvé objevuje v souvislosti s dobytím desetikmenného samařského království v roce 740 př. n. l.; vztahoval se na ty, kdo žili v severním království před jeho dobytím, a měli jím být odlišeni od cizinců, kteří tam byli později přivedeni z jiných částí Asyrské říše. (2Kr 17:29) Zdá se, že Asyřané z těchto míst neodvedli všechny izraelské obyvatele, protože ze zprávy ve 2. Paralipomenon 34:6–9 (srovnej 2Kr 23:19, 20) vyplývá, že Izraelité byli v té zemi ještě v době vlády krále Josijáše. Časem začali být výrazem „Samaritáni“ míněni jak potomci těch, kdo zůstali v Samaří, tak potomci těch lidí, které tam přivedli Asyřané. Někteří tedy nepochybně pocházeli ze smíšených manželství. V ještě pozdějším období mělo toto jméno spíše náboženský než národnostní nebo politický význam. Jméno „Samaritán“ se vztahovalo na člověka, jenž patřil k náboženské sektě, která byla rozšířena v okolí starověkých měst Šekemu a Samaří a která zastávala určité nauky, jež se výrazně lišily od judaismu. (Jan 4:9)

Budova samaritánského chrámu, která byla postavena na hoře Gerizim pravděpodobně ve čtvrtém století př. n. l. jako konkurence jeruzalémského chrámu, je považována za určitý znak konečného oddělení Židů od Samaritánů, i když někteří badatelé se domnívají, že k narušení jejich vzájemných vztahů došlo až za více než sto let. Když Ježíš zahájil svou službu, trhlina mezi těmito dvěma skupinami ještě nebyla zacelena, ačkoli chrám na hoře Gerizim byl již asi sto padesát let zničen. (Jan 4:9) Samaritáni stále ještě uctívali na hoře Gerizim (Jan 4:20–23) a Židé k nim měli velmi malou úctu. (Jan 8:48) Tento přezíravý postoj umožnil Ježíšovi, aby zdůraznil klíčovou myšlenku svého podobenství o milosrdném Samaritánovi. (Lk 10:29–37)