Τόσο στην αρχαιότητα όσο και στη σύγχρονη εποχή, η Αίγυπτος οφείλει την ύπαρξή της στον Νείλο Ποταμό, του οποίου η εύφορη κοιλάδα σχηματίζει μια στενόμακρη πράσινη λωρίδα μέσα στις αφιλόξενες ερήμους της βορειοανατολικής Αφρικής. Η «Κάτω Αίγυπτος» αποτελούνταν από την πλατιά περιοχή του Δέλτα όπου ο Νείλος διακλαδίζεται προτού εκβάλει στη Μεσόγειο Θάλασσα. Κάποτε είχε τουλάχιστον πέντε ξεχωριστές διακλαδώσεις, αλλά σήμερα έχει μόνο δύο. Από το σημείο όπου τα νερά του Νείλου ακολουθούν διαφορετικές κατευθύνσεις (κοντά στο σημερινό Κάιρο) μέχρι την ακτή της θάλασσας μεσολαβεί απόσταση περίπου 160 χλμ. Η τοποθεσία της αρχαίας Ηλιούπολης (της Βιβλικής Ων) βρίσκεται σε μικρή απόσταση Β του Καΐρου, ενώ λίγα χιλιόμετρα Ν του Καΐρου βρίσκεται η Μέμφις (στην Αγία Γραφή αποκαλείται συνήθως Νοφ). (Γε 46:20· Ιερ 46:19· Ωσ 9:6) Νότια της Μέμφιδος άρχιζε η περιοχή της «Άνω Αιγύπτου», η οποία εκτεινόταν κατά μήκος της κοιλάδας μέχρι τον πρώτο καταρράκτη του Νείλου στο Ασουάν (την αρχαία Συήνη), καλύπτοντας μια απόσταση περίπου 960 χλμ. Πολλοί λόγιοι, όμως, θεωρούν ότι είναι λογικότερο να ονομάζουν το βόρειο μέρος αυτού του τμήματος «Μέση Αίγυπτο». Σε ολόκληρη αυτή την περιοχή (της Μέσης και της Άνω Αιγύπτου), το πλάτος της επίπεδης Κοιλάδας του Νείλου σπάνια υπερβαίνει τα 20 χλμ. Η κοιλάδα περιστοιχίζεται από ασβεστολιθικά και ψαμμιτικά απόκρημνα υψώματα τα οποία αποτελούν την άκρη της καθαυτό ερήμου.

Οικονομία εξαρτώμενη από τον Νείλο. Μολονότι σήμερα οι έρημοι δίπλα από την Κοιλάδα του Νείλου έχουν ελάχιστη ή και καθόλου βλάστηση, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να βόσκουν εκεί ζώα, υπάρχουν στοιχεία που αποδεικνύουν ότι στην αρχαιότητα ζούσαν στις ρεματιές πολλά θηράματα τα οποία κυνηγούσαν οι Αιγύπτιοι. Παρ’ όλα αυτά, οι βροχές ήταν προφανώς σποραδικές και σήμερα είναι αμελητέες (το ύψος των βροχοπτώσεων στο Κάιρο ίσως φτάνει τα 5 εκ. ετησίως). Επομένως, η ζωή στην Αίγυπτο εξαρτόταν από τα νερά του Νείλου.

Οι πηγές του Νείλου βρίσκονται στα βουνά της Αιθιοπίας και των γειτονικών χωρών. Εδώ, οι εποχιακές βροχοπτώσεις ήταν τόσο πολλές ώστε προκαλούσαν ανύψωση της στάθμης του ποταμού, κάνοντάς τον να πλημμυρίζει τις όχθες του στην Αίγυπτο κάθε χρόνο, από τον Ιούλιο ως τον Σεπτέμβριο. (Παράβαλε Αμ 8:8· 9:5.) Με αυτόν τον τρόπο, όχι μόνο διοχετευόταν νερό στα αρδευτικά κανάλια και στις αρδευτικές λεκάνες, αλλά επίσης κατακαθόταν πολύτιμη λάσπη που εμπλούτιζε το έδαφος. Τόσο εύφορη ήταν η Κοιλάδα του Νείλου, όπως και το Δέλτα, ώστε όταν ο Λωτ είδε την περιοχή των Σοδόμων και των Γομόρρων—μια περιοχή με άφθονα νερά—την παρομοίασε με «τον κήπο του Ιεχωβά, [με] τη γη της Αιγύπτου». (Γε 13:10) Ωστόσο, το μέγεθος της πλημμύρας παρουσίαζε διακυμάνσεις. Όταν η πλημμύρα ήταν μικρή, η παραγωγή δεν επαρκούσε και το αποτέλεσμα ήταν να υπάρχει πείνα. (Γε 41:29-31) Η παντελής έλλειψη πλημμυρών στον Νείλο θα συνιστούσε τεράστια καταστροφή και θα μετέτρεπε τη χώρα σε άγονη έρημο.—Ησ 19:5-7· Ιεζ 29:10-12.