もっと後代になると，この呼称は人種的もしくは政治的な含みよりも宗教的な含みを持つようになりました。「サマリア人」とは，古代のシェケムやサマリアの付近で栄えた宗派に属し，ユダヤ教とは明確に異なる特定の信条を抱いている人を指しました。―ヨハ 4:9。

エルサレムの神殿に対抗してゲリジム山上にサマリア人の神殿が建てられたのは西暦前4世紀のことと思われますが，この出来事はユダヤ人とサマリア人が最終的に分離したことをはっきり示すものであると一部には考えられています。もっとも，そのような関係の断絶は1世紀余り後に生じたと見る人たちもいます。イエスが宣教を始めたころ，ゲリジム山の神殿は破壊されてすでに1世紀半ほどたっていましたが，両者の間の仲たがいは解消していませんでした。（ヨハ 4:9）