Nog later had de naam veeleer een religieuze dan een raciale of politieke gevoelswaarde. „Samaritaan” duidde op iemand die tot de religieuze sekte behoorde welke in de omgeving van het oude Sichem en het oude Samaria floreerde en aan bepaalde leringen vasthield die sterk afweken van die van het judaïsme. — Jo 4:9.

De bouw van de Samaritaanse tempel op de berg Gerizim (misschien in de 4de eeuw v.G.T.) als concurrent van de tempel in Jeruzalem wordt door sommigen gezien als teken van de definitieve scheiding tussen de joden en de Samaritanen, hoewel anderen menen dat het verbreken van de betrekkingen ruim een eeuw later plaatsvond. Toen Jezus met zijn bediening begon, was de breuk tussen de twee volken nog niet geheeld, ofschoon de tempel op de berg Gerizim al ruim anderhalve eeuw daarvoor was verwoest (Jo 4:9).