Dodatkowo jednak napisał do Filemona, osobiście wstawiając się za Onezymem. List ten sporządził własnoręcznie, co było u niego czymś wyjątkowym (Filem. 19). Taki akcent osobistego zaangażowania nadawał jego prośbie szczególne znaczenie.

Prosi, by go przyjąć życzliwie, tak jak przyjęto by Pawła. Jeżeli Filemon doznał od Onezyma jakiejś krzywdy, niech obciąży tym rachunek Pawła, który mówi mu: ‛Jesteś mi winien nawet samego siebie’ (w. 16, 19).