Num período posterior, o nome tinha uma conotação mais religiosa do que racial ou política. O termo “samaritano” referia-se a alguém que pertencia à seita religiosa que florescia na vizinhança das antigas Siquém e Samaria, e que sustentava certos conceitos nitidamente diferentes do judaísmo. — Jo 4:9.

A construção do templo samaritano no monte Gerizim, talvez no quarto século AEC, em competição com o de Jerusalém, é considerada por alguns como sinal da separação definitiva entre judeus e samaritanos, embora alguns achem que o corte de relações tenha ocorrido mais de um século depois. Quando Jesus iniciou seu ministério, o rompimento entre os dois ainda não havia sido sanado, embora o templo no Gerizim tivesse sido destruído cerca de um século e meio antes disso. (Jo 4:9)